Строительство верхней церкви продолжалось 25 лет и закончилось в 1743. Внутренее устройство затянулось на долгие годы, так как неустойчивость правительственных мер по отношению к торговле, частые пожары, осложнили материальное благосостояние населения до крайней бедности, и только во второй половине ХVIII в., при Екатерине I принявшей ряд мер по оживлению торговли, довершено было устройство верхнего храма, иконостаса и икон, писавшихся устюжским мещанином Вол. Холмогоровым. 18.09 1765 освящена преосвященным Иосифом.

26.06 1793 в 8 часов вечера вспыхнул пожар в пороховых складах купца Климова, расположенных рядом с собором. Пострадал и храм. После ремонта собор освящён 9/VI 1799.

Верхний храм поражал своей красотой и изяществом отделки. Иконостас построен в строжайшем стиле Возрождения, весь украшен росписью.

место:
внутри деревянного города
адрес:

придел Введенский

место:
в трапезе

история:
Придел устроен в алтаре Богоявленского храма с южной стороны в поминовение благотворителей казанских купцов.
Освящён 5.07 1720 преосв. Варнавою.
При преосв. Вениамине переделан в придел св. Николая.
оформление:
1720 - 43.

история:
автор:
Холмогоров В.
V. Kholmogorov
название:
Егда рече Господь к жидам "Кого ищите?"

Егда бияху Его связанного пригибающаго колена

Омовение ног, у северной стороны

Christ washing the feet of the disciples

Отвержение Петра, у северной стороны

Renunciation of St Peter

Плавание апостолов по Галилейскому озеру

Navigation of apostles on Gagilea lake

история:
На правой стороне храма под полуокружным балдахином деревянный крест, сделанный Петром I в 1694 в память спасения на Унских водах. Крест 5 аршин в вышину, 3 аршина в ширину, концы в виде полуокружностей с шариками на оконечностях. На подножии креста Пётр I сделал надпись собственной рукой: "сей крест поставил капитан Петр в лето Христово 1694 г." и эта же надпись по-голландски. Пётр I 30 мая 1694 выехал из Архангельска в Белое море, началась буря, войдя в Унскую губу, Пётр I спасся от гибели, пристал у Пертоминского монастыря и в память чудесного избавления собственноручно сделал крест, который до 1803 находился там, в монастыре. По повелению Александра I крест перенесен в собор.