Основан в честь первых русских св. князей Бориса и Глеба. Сам Сергий Радонежский благословил в 1363 на создание монастыря новгородских монахов Фёдора и Павла. Историческое предание сообщает о том, что Сергий Радонежский выбрал место для строительства нового общежитийного монастыря, предсказав его дальнейшее процветание: "Призрит Бог и Пресвятая Богородица на место сие, а страстотерпцы Бориса и Глебе в помощь да будут, в предыдущие времена превознося монастырь под великими лаврами". Все строения в монастыре были деревянными. Таковым он просуществовал 159 лет.
Монастырь был любим московскими князьями и первыми русскими царями, считавшими его своим "домашним". Во время междоусобной войны середины XV в. в стенах Борисоглебской обители находил приют великий князь Василий II Тёмный. В 1440 Борисоглебский игумен Питирим крестил в стенах монастыря первого русского царя Ивана III, сына Василия Тёмного. Как и отец, Иван III всю жизнь жаловал "домашний" монастырь деньгами и вотчинами. При сыне Ивана III, Василии III, в 1522 году в Борисоглебском монастыре начинается каменное строительство. Для этой цели в обитель был направлен великого князя мастер "каменный здатель" Григорий Борисов. В монастыре налажено производство кирпича, из округи свозятся валуны для фундаментов, добывается песок, чудесным образом обретается известь. Трижды посещал Борисоглебскую обитель Иван IV Грозный, причём первый раз ещё юношей в 1545 году. Иван Грозный сделал более 20 вкладов в Борисоглебский монастырь: книги, огромные денежные вклады и колокол весом в 138 пудов. Вклады в Борисоглебский монастырь делали также цари Борис Годунов, Алексей Михайлович, князья Сабуровы, Пивовы, Бельские, Шуйские, Пронские, Орловы, Сумароковы и другие. К середине XVII века Борисоглебский монастырь владел 22 тыс. десятин земли и 4-мя подведомственными монастырями: Троицким на Бору, Никольским на Ковже, Спасской пустынью и Никольским на Бою. Он по праву считался одним из богатейших в Ростовской митрополии. Очень известен был Борисоглебский монастырь в начале XVII в., когда в его стенах подвизался затворник преподобный Иринарх (1548-1616 гг.). Иринарх прославил обитель своим духовным подвигом, взяв на себя высшую степень монашеского жития - затвор, прожив в веригах 38 лет. Именно он предсказал царю Василию Шуйскому "пленение Руси поляками". В стенах Борисоглебского монастыря побывали полководцы: князья Б.М. Лыков, М.В. Скопин-Шуйский, Д.М. Пожарский и К. Минин, видевшие в преподобном Иринархе духовного наставника.
Одновременно со строительством Ростовского кремля в конце XVII века, по указанию Ростовского митрополита Ионы Сысоевича, на территории Борисоглебского монастыря начинаются масштабные строительные работы: перестраиваются уже существующие здания и возводятся новые. Проведённые Петром I и Екатериной II секуляризации церковных доходов и земель, введение монастырских штатов, сделали Борисоглебскую обитель заурядным второклассным монастырём. Источником существования монастыря в XVIII-XIX вв. были 280 десятин земли, сад с восьмилучевой планировкой и доходы от сдачи в аренду башен и монастырских торговых лавок за крепостными стенами. Из царствующих особ в Борисоглебском монастыре побывали лишь Екатерина II и Александр III, да и то проездом из Углича в Ростов, совершая паломничество по святым местам.
Официально монастырь упразднён в 1924. Часть зданий была передана Ростовскому государственному музею, часть оставалась у верующих. К концу 1929 на территории монастыря действующих храмов уже не было.
В 1989 богослужения в соборе Бориса и Глеба возобновились, а в декабре 1994 возрождён Борисоглебский мужской монастырь. С 1924 г. по настоящее время на территории Борисоглебского монастыря существует музей-филиал Государственного музея-заповедника "Ростовский кремль". В музее действует несколько экспозиций, к показу предлагаются переходы крепостных стен и смотровая северо-восточная башня.
