Монастырь основан в ~1330 выходцем из Золотой Орды, знатным татарским мурзой Четом, который добровольно перешёл на службу к великому князю Ивану Даниловичу Калите.
Когда Чет плыл по Волге, повествуется в легенде, он тяжело заболел и сделал стоянку на месте, где ныне стоит монастырь.
Во сне Чету явилась БР и обещала исцелить его, если он построит обитель в честь апостола Филиппа и святителя Ипатия.
По прибытии в Москву Чет принял христианскую веру, получив при крещении имя Захария, и испросил у великого князя разрешения на закладку монастыря во имя св. Ипатия на месте "чудесного" исцеления.
Захарий стал родоначальником костромских вотчинников Зерновых, Сабуровых, Шеиных, Вельяминовых-Зерновых и Годуновых - знатных боярских фамилий, покровителей монастыря.
Покровительству этих фамилий, многие представители которых принимали в монастыре монашество, обитель обязана своим расцветом во 2-й пол. XVI в.
В 1435 здесь подписан мирный договор между враждовавшими князьями Василием Тёмным и Василием Косым.
О времени построения каменной ограды монастыря сообщает летопись на белокаменной плите, вставленной в Святые ворота, а позднее вмонтированной в северную стену Троицкого собора (в северной паперти, справа от портала): "Лета 7094 (1586) повелением благоверного и боголюбиного и великого государя царя и великого князя Федора Ивановича всея Руси самодержца, и его благочестивыя и христолюбивыя царицы великия княгини Ирины, в третие лето государства его начаты бысть делати сии святые врата и оградка камена около сея превеликия Лавры святыя пребезначальныя Троица Ипацкаго монастыря, тщанием и верою боярина Дмитрия Ивановича Годунова, да боярина и конюшево Бориса Федоровича Годунова, на память от рода в рода по душех своих и по своих родителех в вечный поминок".
Стены монастыря, опоясавшие территорию Старого города, имели протяжённость 518 м и получили вид прямоугольника неправильной формы.
Крепостная стена по углам фланкировалась четырьмя круглыми башнями.
В монастырь вело пять въездных ворот: с южной, западной и северной сторон и двое со стороны реки Костромы - Святые и Водяные.
Въездные ворота были укреплены квадратными башнями, из них сохранилась лишь башня над Южными воротами.
Стены имели толщину 1,5 м, а позднее, в XVII веке, были надстроены до 3 м.
Первоначальная высота стен была на 2 м ниже современной и достигала 6,5...7 м.
Каменная ограда монастыря, неприступная извне, с внутренней стороны имела важные преимущества для организации обороны.
Главное боевое значение имели башни (стрельницы), где устанавливались крупные орудия.
Для хранения пороха предназначалась специальная Пороховая (северо-восточная) башня.
В водяной башне был потайной выход к реке Костроме, что обеспечивало бесперебойное снабжение водой во время осады.
Стены и башни с внутренней стороны связаны широким переходом - галереей боевого хода.
В 1595 Борис Годунов дал Ипатьевскому монастырю двор в Москве, в Китай-городе, а в 1603 - два дома в Костроме.
Ипатьевский монастырь стал называться "преименитой лаврой".
В 1598 настоятелю монастыря присвоено звание архимандрита, а ближайшим лицом после него стал "наместник",
В ~1555...1605 на средства Годуновых проведено полное переустройство монастыря.
Руководил работами специально назначенный "строитель" Гурий Ступишин, который до этого успешно воздвигал здания Иосифо-Волоколамского монастыря, а впоследствии застраивал Игрицкий Песоченский монастырь близ Костромы.
При поддержке Годуновых в монастыре была создана иконописная школа. Самыми известными мастерами были художники Гурий Никитин и Сила Савин.
В мае 1609 поляки и их сторонники с воеводой Вельяминовым были изгнаны из города, но завладели частью Ипатьевского монастыря.
Вельяминов, запрашивая помощи у гетмана Сапеги. писал : "Марта в 12 день пришли воры государевы изменники, вологотцкие и поморские мужики, пять тысячь, от Костромы за две версты, а ждут к себе из Галича Ивашка Кологривца, а с ним де идет воровских людей пять же тысячь, и ждут его к себе марта в день 13 на вечер, а к ним придет, и им приступили к Ипатцкому монастырю". Польскому отряду не удалось рассеять ополчение, однако и ополченцам не удалось изгнать захватчиков : слабовооруженному войску ополченцев монастырь мог противопоставить вооружение из 37 пушек, большие запасы пороха. Продовольствия так же имелось достаточно.
Первого мая в Кострому прибыл опытный воевода Давид Жеребцов.
По его приказу вокруг монастыря выкопали глубокий ров, укрепленный булыжным камнем, за рвом засели ополченцы.
Они бились с осажденными "день и ночь".
Монастырь был отрезан от общения с внешним миром.
Попытки Вельяминова прорваться не увенчались успехом.
Но чтобы взять крепость, нужно было подорвать стены.
Выполнить эту задачу взялись костромские служивые люди Константин Мезенцев и Николай Косыгин.
В ночь с 24 на 25 сентября 1609 они подвели подкоп под монастырскую стену, заложили туда бочку с порохом.
Произошёл взрыв. Оба патриота погибли, но ценою их жизни крепость была взята, засевшие в ней поляки и их сторонники уничтожены.
В последующие годы не прекращались распри между посадскими людьми и монастырским духовенством: жители города долгое время не могли забыть о предательстве монастырских властей во время осады.
Романовы при Борисе Годунове жили в монастыре в ссылке, а в годы Смутного времени они получили монастырь в вотчинное владение как вознаграждение за их опалу при Годуновых. Когда в вотчине Романовых произошла расправа польского отряда с Иваном Сусаниным, Михаил с матерью были вынуждены бежать из села Домнина (теперь Сусанинского района) и укрыться в Ипатьевском монастыре.
У Романовых был свой осадный укрепленный двор в Костроме, близ Успенского собора, но они избрали монастырь как более надёжное убежище.
Это близ Ипатьевского монастыря произошла история, которая легла в основу многочисленных литературных произведений и театральных постановок об Иване Сусанине.
Легенда гласит, что русская монархия была спасена его храбростью и самопожертвованием.
Сразу после избрания Михаила царём поляки попытались захватить его в плен.
Но Сусанин, вызвавшийся проводить польских лазутчиков через глухие костромские леса, заманил их в непроходимую чащу и обрёк на смерть от голода и холода.
Впоследствии Романовы ввели традицию - чествовать при дворе людей, которые когда-либо спасли жизнь русским государям.
По указу царя прах Ивана Сусанина перенесен в монастырь.
Перед тем как объявить Романовых царской династией, Ипатьевская обитель напутствовала нижегородское ополчение Минина и Пожарского, выступившее против Лжедмитрия в феврале 1612.
На земском соборе в феврале 1613 Михаила Романова избрали царём.
14 марта 1613 представители Земского собора объявили находившемуся в монастыре Михаилу Фёдоровичу Романову об избрании его на царство.
С этого времени обитель пользовалась особым покровительством царской фамилии.
В 1621...23 произведены восстановительные работы по починке монастырских стен и зданий, повреждённых во время осады.
Ограда была "в вышину надделывана".
Работы проводились по царскому указу "подмастерьями" (мастерами), присланными из Москвы (Иван Неверов и другие), а также "каменщиками московскими, костромскими, ипатскими и богоявленскими".
В дальнейшем строительные работы в монастыре велись в основном силами каменщиков и кирпичников, проживавших в расположенной возле монастыря Ипатьевской, или Богословской (ныне Трудовой), слободе.
По описи 1701 года в монастыре было около восьмидесяти пяти человек монашествующего чина и более ста человек слуг и работных людей разных специальностей.
С 1744, после учреждения Костромской епархии, в монастыре размещалась резиденция костромских архиереев.
В 1767 обитель посетила Екатерины II.
В честь посещения построены новые парадные ворота в северной стене Старого города.
Ворота оформлены двумя въездными арками, одна арка со стороны улицы, другая - с внутренней стороны.
В 1832 утверждён проект генеральной перестройки монастыря, осуществлённый в последующие годы.
Архиерейский корпус, здания келий, корпус богодельни приобрели новый вид - проект почти не учитывал стиля древних памятников.
В 1913 монастырь стал центром торжеств по случаю 300-летия дома Романовых.
Обитель посетил Николай II.
В 1919 монастырь закрыт, а на его территории устроен рабочий поселок.
От разрушения монастырь спасло учреждение в нём в 1927 музея; из монастырских зданий уничтожен только храм Рождества Богородицы.
В 1958 в монастыре создан Костромской историко-архитектурный музей-заповедник "Ипатьевский монастырь".
На реставрацию выделены значительные средства.
Работы, произведенные костромской реставрационной мастерской, позволили освободить древние постройки от позднейших искажений, вернуть им первоначальный вид.
Музей-заповедник включал организованный на территории монастыря и в прилегающей местности Музей народной архитектуры и быта.
В настоящее время все строения монастыря отреставрированы и взяты под государственную охрану.
Рядом с монастырём расположен Музей деревянного зодчества под открытым небом.
Свайные баньки, ветряные мельницы, избы воспроизводят облик северной русской деревни.
Многообразны церкви разных типов и объемов.
Одна из наиболее ранних - церковь Преображения из села Спас-Вежи (фотографии №№ 2,8,9,10), сгорела 6 сентября 2002.
Храм поставлен на сваи, столь характерные для заболоченного северного пейзажа.
Храм считается лучшим среди дошедших до нашего времени «клетских» церквей костромской земли.
Возрождение монашеской жизни началось в 1992 с созданием монашеской общины.
8 января 1992 в Троицком соборе совершена первая литургия.
В 1992 традиция царственного паломничества в обитель восстановлена великой княгиней Леонидой Георгиевной, великой княгиней Марией Владимировной и её сыном Георгием.
В 1994 братии передали небольшое здание келий над погребами, звонницу и Лазаревский храм.
Все годы возрождения обители остро стоит проблема взаимоотношений монашеской общины и администрации музея.
Несмотря на многочисленные решения, необоснованно затягивается возвращение Церкви храмов и корпусов монастыря.
К сегодняшнему дню с территории обители выехал лишь отдел природы.
В монастыре два действующих храма: Троицкий собор и Лазаревская церковь.
Патриарх Московский и всея Руси Алексий II трижды посещал монастырь, в 1993, 1994 и 2002.
